В палеонтологической летописи морские коньки появляются уже сформировавшимися и встречаются в относительно молодых слоях. До сих пор самыми древними окаменелостями морских коньков считались образцы, найденные в Италии, в области Римини. Им всего 5 миллионов лет – это нижний плиоцен или верхний миоцен. Словенский палеонтолог Джуре Залохар из Университета Любляны опубликовал статью об обнаружении морских коньков Hippocampus sarmaticus в отложениях возрастом 13 миллионов лет.